味噌按材料分类，主要可分为豆、米及麦味噌。米味噌产量最多，佔全国八成，其次分别为麦味噌及豆味噌。
以颜色分类，则可分为赤、黄及白味噌。赤味噌发酵时间最长，含盐量最高，颜色最深，味道最浓。白味噌发酵时间最短，含盐量最低，颜色最浅，味道最淡。黄味噌则介乎两者之间。
按口味分类，则可分为辛口，即咸中带辣。和甘口，即清鲜带甜两大类。以下 5 种味噌，分别为箇中代表，在日本极受欢迎。
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1. 信州味噌
信州即日本中部长野地区，中世纪已以制造味噌闻名，佔全国味噌出产量四成，极具代表性。它属米味噌，以大豆及米麴制成，味道浓淡适中带辛口，属白味噌，主要用来制作汤面，在日本被广泛使用。
2. 八丁味噌
爱知县名产，历史可追溯至四百年前江户时代，当时冈崎城出身的大将军德川家康，将八丁味噌带到军中及皇室，令八丁味噌声名大噪。八丁味噌由大豆豆麴制成，属豆味噌，产量稀少，只佔日本味噌产量百分之五。颜色暗红，味道浓郁带辣，属赤味噌。着名的味噌关东煮，就是用八丁味噌煮成。
3. 西京味噌
西京，即是京都。二百多年前，日本京都丹波地区酿酒名匠丹波屋茂助在天皇住所附近制酱，并供应给皇室，令西京味噌成为京都美食中重要一员。西京味噌使用大量米麴制成，低盐，呈淡黄色，属米味噌和白味噌。味道甘甜，适用于醃渍物，着名的西京烧银鳕鱼，就是用这种味噌做醃料。
4. 九州麦味噌
主要产于九州及四国，以大豆和大麦发酵而成，产量少，只佔日本全国产量一成。麦味噌分辛口及甘口两种，前者偏咸、后者偏甜，九州麦味噌就以甘口偏甜着称。由于熟成后没有再加热，又被称为"生味噌"，是众多味噌中，最能吃到原来口感和风味的一种，适合用来做味噌汤及烤饭团。
5. 仙台味噌
来自日本东北地区，相传已有五百年历史，因日本武将伊达政宗炎夏带着它出征朝鲜却没有腐坏而闻名。色呈红褐，属米味噌及赤味噌，发酵时间长，盐分较高，味道浓郁带辛辣，能够直接食用，故又被称为"尝味噌"，配仙台招牌美食烤牛舌滋滋味最佳。
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