味噌按材料分類，主要可分為豆、米及麥味噌。米味噌產量最多，佔全國八成，其次分別為麥味噌及豆味噌。
以顏色分類，則可分為赤、黃及白味噌。赤味噌發酵時間最長，含鹽量最高，顏色最深，味道最濃。白味噌發酵時間最短，含鹽量最低，顏色最淺，味道最淡。黃味噌則介乎兩者之間。
按口味分類，則可分為辛口，即鹹中帶辣。和甘口，即清鮮帶甜兩大類。以下 5 種味噌，分別為箇中代表，在日本極受歡迎。
1. 信州味噌
信州即日本中部長野地區，中世紀已以製造味噌聞名，佔全國味噌出產量四成，極具代表性。它屬米味噌，以大豆及米麴製成，味道濃淡適中帶辛口，屬白味噌，主要用來製作湯麵，在日本被廣泛使用。
2. 八丁味噌
愛知縣名產，歷史可追溯至四百年前江戶時代，當時岡崎城出身的大將軍德川家康，將八丁味噌帶到軍中及皇室，令八丁味噌聲名大噪。八丁味噌由大豆豆麴製成，屬豆味噌，產量稀少，只佔日本味噌產量半成。顏色暗紅，味道濃郁帶辣，屬赤味噌。著名的味噌關東煮，就是用八丁味噌煮成。
3. 西京味噌
西京，即是京都。二百多年前，日本京都丹波地區釀酒名匠丹波屋茂助在天皇住所附近製醬，並供應給皇室，令西京味噌成為京都美食中重要一員。西京味噌使用大量米麴製成，低鹽，呈淡黃色，屬米味噌和白味噌。味道甘甜，適用於醃漬物，著名的西京燒銀鱈魚，就是用這種味噌做醃料。
4. 九州麥味噌
主要產於九州及四國，以大豆和大麥發酵而成，產量少，只佔日本全國產量一成。麥味噌分辛口及甘口兩種，前者偏鹹、後者偏甜，九州麥味噌就以甘口偏甜著稱。由於熟成後沒有再加熱，又被稱為生味噌，是眾多味噌中，最能吃到原來口感和風味的一種，適合用來做味噌湯及烤飯糰。
5. 仙台味噌
來自日本東北地區，相傳已有五百年歷史，因日本武將伊達政宗炎夏帶着它出征朝鮮卻沒有腐壞而聞名。色呈紅褐，屬米味噌及赤味噌，發酵時間長，鹽分較高，味道濃郁帶辛辣，能夠直接食用，故又被稱為嘗味噌，配仙台招牌美食烤牛舌最冶味。
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